RNAmmer怎么用

这篇文章主要讲解了“RNAmmer怎么用”，文中的讲解内容简单清晰，易于学习与理解，下面请大家跟着小编的思路慢慢深入，一起来研究和学习“RNAmmer怎么用”吧！

成都创新互联公司是专业的张家界网站建设公司，张家界接单;提供网站制作、成都网站制作,网页设计,网站设计,建网站,PHP网站建设等专业做网站服务;采用PHP框架,可快速的进行张家界网站开发网页制作和功能扩展;专业做搜索引擎喜爱的网站,专业的做网站团队,希望更多企业前来合作!

RNAmmer为一款专门的rRNA预测工具，该软件所使用的隐马尔科夫模型的训练数据集选用5S rRNA数据库和欧洲rRNA数据库，具有极高的准确率。它既可以用来预测原核生物的5S、16S、23S rRNA，也可以用来预测真核生物的5S、5.8S、18S、28S Rrna，而且是不基于参考序列的从头预测。

要想下载本地使用需首先在网站填写姓名、邮箱、机构等信息进行申请，之后会将软件下载链接会发送至邮箱。需要首先安装 Hmmer ，然后 RNAmmer 软件包下载解压后就可使用。其使用方法如下所示：

rnammer -S bac -m lsu,ssu,tsu -xml out.xml -gff out.gff -h out.hmmreport -f out.rRNA.fasta genome.fasta-S    指定输入序列的物种所属的界：古菌arc、细菌bac或真核euk；-m    所需要预测的rRNA种类：'tsu'为5/8s rRNA，'ssu'为16/18s rRNA，'lsu'为23/28s rRNA。如果全部进行预测，则设置为为'tsu,ssu,lsu'；-multi  并行运算，预测正反两条链上所有的rRNA，最多并行运行6个计算，相当于-m lsu,ssu,tsu；-f    生成的rRNA的fasta结果文件名-h    生成的hmm结果报告文件名-gff    生成的rRNA的gff2文件名-xml  生成的xml结果文件名

对细菌基因组序列进行预测，如下所示：

rnammer -S bac -m lsu,ssu,tsu -gff twk.rRNA.gff -f twk.rRNA.fasta -h twk.rRNA.hmmreport new.scaffolds.fasta

在gff和fasta文件中可以看到5S、16S、28S rRNA的预测结果及其序列，如下所示：

RNAmmer怎么用

在细菌基因组中，一般 23S rRNA 与 5S rRNA 是紧挨在一起的，而其与 16S 人RNA 之间则隔着较长的序列片段。

感谢各位的阅读，以上就是“RNAmmer怎么用”的内容了，经过本文的学习后，相信大家对RNAmmer怎么用这一问题有了更深刻的体会，具体使用情况还需要大家实践验证。这里是创新互联，小编将为大家推送更多相关知识点的文章，欢迎关注！

分享标题：RNAmmer怎么用
网页链接：http://lszwz.com/article/gsohjg.html

乐山网站建设

RNAmmer怎么用

其他资讯

联系我们

135-1821-9792

028-86922220

快捷导航

二维码

友情链接交换友情链接

乐山网站建设

RNAmmer怎么用

其他资讯

联系我们

135-1821-9792

028-86922220

快捷导航

二维码

友情链接 交换友情链接

友情链接交换友情链接