ATAC-seq专题---生信分析流程

1、ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分内容进行展开讲解。 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads，得到clean reads用于后续分析。

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2、ChIP-Seq原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP） 特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段 ，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。ATAC-seq是 全基因组范围 内，找出所有的OCR。

3、Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS2)是一款用于检测基因富集区域的软件。尽管是为ChIP-seq设计的，但也适用于ATAC-seq测序及其他有小峰的基因组富集分析。MACS2软件的主程序是callpeak。

Linux使用diff命令怎么比较文件

patch 命令可以将diff命令的输出应用到原始的对比文件中，将新版本的更新应用到原始的文件中。

diff 语法 diff [options]file1 file2 命令字 参数 待对比文件1 待对比文件2 [options]的主要参数 -a：将所有文件当作文本文件来处理。-b或–ignore-space-change 忽略空格造成的不同。

★命令格式：diff[参数][文件1或目录1][文件2或目录2]★参数：☆-行数 　指定要显示多少行的文本。此参数必须与-c或-u参数一并使用。☆-a或--text 　diff预设只会逐行比较文本文件。

linux命令?

1、linux常用命令：查看内核版本：uname-a。图形界面：init5或者startx。控制台：init3或者直接注销。如何查看ip地址：ifconfig。配置ip：ifconfigeth0ip地址。重启：reboot或者shutdown-rnow。

2、linux常用命令如下：查看内核版本：uname-a。控制台-》图形界面：init5或者startx。图形界面-》控制台：init3或者直接注销。如何查看ip地址：ifconfig。配置ip：ifconfigeth0ip地址。

3、Linux 是一种自由和开放源代码的操作系统，它支持许多不同的命令行操作。以下是一些常见的 Linux 命令及其用途：cd：用于在文件系统中移动目录。例如，cd /（移动到根目录）、cd /usr/（移动到 /usr 目录）等。

4、linux基本操作命令：pwd命令、cd命令、ls命令、cat命令、cp命令。pwd命令 使用pwd命令找出您所在的当前工作目录的路径。该命令将返回一个绝对（完整）路径，该路径基本上是所有以/开头的目录的路径。

Linux有什么比较命令的结果和tkdiff一样的?要行对行的那种

1、如果你想比较两个文件前 20 行的内容，可以使用 Linux 命令 head。

2、①sort -rn -k 2 f1：按照文档第二列的数值大小进行降序排序。-n表示按照数值大小比较排序，默认为升序，加上-r表示为降序，-k指定按照第几列排序。②sort -rn -u -k 2 f1：-u表示去除重复行。

3、如果用“- ”表示file1或fiie2，则表示标准输入。如果file1或file2是目录，那么diff将使用该目录中的同名文件进行比较。例如： diff /usr/xu mine把目录/usr/xu 中名为mine的文件与当前目录中的mine文件进行比较。

4、Sort命令将逐行对文件中的内容进行排序，如果两行的首字符相同，该命令将继续比较这两行的下一字符，如果还相同，将继续进行比较。

5、下面做一个简单的对比。\x0d\x0a启动\x0d\x0aLinux的启动操作过程和DOS相似(尽管如此，但作为操作系统本身，Linux在启动和退出时所作的工作要比DOS多得多)，也可以通过按下Ctrl＋Alt＋Del三键进行热启动。

linux文件查找命令比较

1、按名称查找文件你可以借助正则表达式使用完整或部分的文件名来定位文件。find命令需要你给出想搜索的目录；指定搜索属性选项，例如，-name用于指定区分大小写的文件名；然后是搜索字符串。

2、find命令是linux中最强大的查找文件的命令，它的格式为”find 指定目录 指定条件 指定动作“。

3、Linux文件系统具有良好的结构，系统提供了很多文件处理程序。这里主要介绍常用的文件处理命令。 file 作用file通过探测文件内容判断文件类型，使用权限是所有用户。

4、Linux find命令用来在指定目录下查找文件。任何位于参数之前的字符串都将被视为欲查找的目录名。如果使用该命令时，不设置任何参数，则find命令将在当前目录下查找子目录与文件，并且将查找到的子目录和文件全部进行显示。

linux如何查看服务器序列号

linux怎么查看服务器的型号？我们一起来了解一下吧。 打开linux系统，在linux的桌面的空白处右击。在弹出的下拉选项里，点击打开终端。输入dmidecode-t1命令，即可在下方出现的消息中查看到服务器的名称与型号。

你可以通过如下方式来进行查看：hdparm命令[root@bbs ~]# hdparm -I /dev/sda 通过这个命令可以详细查看。

Linux查看硬盘序列号的命令是：hdparm -i /dev/sda，若该用户没有执行该命令的权限，可以加sudo 提升权限。-i参数用于显示驱动器的基本信息。/dev/sda为要查看的硬盘。可以使用fdisk -l命令查看硬盘名。

env # 查看环境变量 问题七：如何查看linux服务器磁盘的具体型号 请先确定服务器是否有配 RAID。

linux服务器硬件型号查看的命令：命令如下：dmidecode | grep Product NameProduct Name： PowerEdge R210 II Product Name： OCP8FC 如果对显示出来的结果不熟悉，到百度搜一下你就知道是哪个厂商的机器型号了。

在Linux系统中通过C语言获取硬盘序列号，可以借助于ioctl()函数，该函数原型如下：int ioctl(int fd， unsigned long request， ...)；ioctl的第一个参数是文件标识符，用open()函数打开设备时获取。