1。 使用top命令,具体用法是 top -H
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加上这个选项,top的每一行就不是显示一个进程,而是一个线程。
2。 使用ps命令,具体用法是 ps -xH
这样可以查看所有存在的线程,也可以使用grep作进一步的过滤。
3。 使用ps命令,具体用法是 ps -mq PID
这样可以看到指定的进程产生的线程数目。
更进一步,其实一些系统监控工具,在本质上也是读取的系统产生的文件罢了。比如说进程这个事情,
看看这个目录吧,/proc/5000/ 这里面有你所有想要的。其实stat代表着当前的一些信息。
使用ps命令来查看进程的时候,进程状态分别对应的含义如下:
D 不可中断睡眠 (通常是在IO操作) 收到信号不唤醒和不可运行, 进程必须等待直到有中断发生
R 正在运行或可运行(在运行队列排队中)
S 可中断睡眠 (休眠中, 受阻, 在等待某个条件的形成或接受到信号)
T 已停止的 进程收到SIGSTOP, SIGSTP, SIGTIN, SIGTOU信号后停止运行
W 正在换页(2.6.内核之前有效)
X 死进程 (未开启)
Z 僵尸进程 进程已终止, 但进程描述符存在, 直到父进程调用wait4()系统调用后释放BSD风格的
高优先级(not nice to other users)
N 低优先级(nice to other users)
L 页面锁定在内存(实时和定制的IO)
s 一个信息头
l 多线程(使用 CLONE_THREAD,像NPTL的pthreads的那样)
+ 在前台进程组
最近,有一批任务需要把两批的fastq合并到一起并压缩成一个fastq文件才能继续往下做,由于存储空间有限又不能直接全部跑上,只能按样本逐个分批跑。众所周知,一般fastq是成对存在的,所需要对read1和read2分别合并一次,然而这次任务的fastq文件比较大,合并然后压缩一次需要1天左右,那对于一组fastq就要2-3天,这也太耗时间了,所以我在想能不能read1和read2 同时跑上,这就可以节省一半的时间了。
平时也能遇到很多类似的任务,特别是在进程数有限的情况下,如果这些小任务单独占用一个进程,而任务很多就很耗时间,如果能在一个进程下实现多个线程并行执行,就能大大提高运行效率。关于进程和线程的知识可以参考知乎的这篇文章【 Shell“ 多线程”,提高工作效率 】,整理的也比较有条理,能比较容易读懂。
当然,某些博主也写过类似的文章,例如这篇【 shell后台限制多并发控制后台任务强度进行文件拷贝 】但是实在是太高深莫测了,看不懂,一时半会儿也学不会。本文将示例Shell实现多线程的简单版本,其实不用太复杂。
其实只需要两个步骤, 第一步是给需要并行运行的命令行在结尾加上"",代表放到后台运行,第二步是在在所有并行任务的后面加上一句“wait”,意思是等所有通过“”放到后台运行的任务跑完后再继续执行后面的任务 ,这些就能实现所有带有“”的行并行执行了。
看完脚本是不是觉得很简单?
上面的脚本适合并行任务少的,可以手动加和wait,但是如果有几十个甚至上百个的小任务就比较麻烦了。但不用担心,可以写个循环,批量运行。
循环的结果也是跟上面类似的,只是多了个循环结构。
如果需要执行的任务只有一行,可以把大括号去掉。
关于for和while的循环可以查看之前的文章【 Shell常用循环示例(for和while批量处理)2022-05-25 】
需要注意的是多线程并行还是需要有限制的,毕竟都是在一个进程里运行,如果线程太多了会卡顿的,建议控制在100个以内,当然还有毕竟高级和复杂的方法可以实现限制。因为上面的脚本已经够我用了,没继续往下学,以后可以再补充。
编译时要用到pthread 库:gcc -lpthread
错误码位置:/usr/include/asm-generic/errno.h
gcc pthread_create.c -lpthread
思考:主子线程交替打印奇数偶数。
思考:证明线程可以自己取消自己。
思考:证明SIGKILL和SIGSTOP 是无法阻塞的。
/usr/include/bits/pthreadtypes.h中查看pthread_mutex_t
思考:用多线程将一个文件1.c拷贝3个副本,11.c,12.c,13.c
思考:多个生产者和消费者
思考:将互斥量等初始化使用pthread_once实现。
思考:设置线程的分离属性,然后在新县城中获取自己的分离属性。
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